ინფორმაცია

გამოიყენება კონკრეტული პრაიმერები ან დეტექტორები, ან ორივე, COVID-19 ტესტებში?


მე ვცდილობ გავიგო rRT-PCR ტესტირების პროცედურის შესახებ, რომელიც გამოიყენება COVID-19– ის შესამოწმებლად, მაგრამ ერთ წერტილში ოდნავ დაბნეული ვარ. გამოიყენება თუ არა უაღრესად სპეციფიური პრაიმერები არასპეციფიკური დეტექტორებით, თუ გამოიყენება უაღრესად სპეციფიკური დეტექტორები, ან გამოიყენება თუ არა კონკრეტული პრაიმერები და დეტექტორები? ზოგიერთი წყარო ამბობს, რომ მულტიპლექს PCR გამოიყენება, რაც მიუთითებს კონკრეტულ დეტექტორზე, მაგრამ რადგან მე ჯერ კიდევ დამწყები ვარ ამ საკითხში, დარწმუნებული არ ვარ. მე ასევე ნამდვილად ვაფასებ მას, თუ ვინმეს შეუძლია მიუთითოს წყარო, რომელიც დეტალურად აღწერს ტესტირების ზოგიერთ პროცედურას.

Გმადლობთ


როდესაც თქვენ აწარმოებთ PCR რეაქციას, თქვენ იღებთ საინტერესო დნმ -ის თანმიმდევრობის ასლებს (cDNA რეტროტრანსკრიპციის შემთხვევაში, ვინაიდან რეტროვირუსებს აქვთ რნმ როგორც გენეტიკური მასალა). ვარაუდობენ, რომ ინტერესის თანმიმდევრობა არის ნიმუში, რომელსაც თქვენ იღებთ პაციენტისგან ან რომელიმე ორგანიზმისგან (მე ვამბობ "სავარაუდოა", რადგან PCR არის ზუსტად ამის დასადასტურებლად). ეს ასლები დამზადებულია "განზოგადებული" ფერმენტების ჯგუფის მიერ, რომელსაც პოლიმერაზები ჰქვია, ხოლო განზოგადებულები ვგულისხმობ იმას, რომ ისინი არ განასხვავებენ დნმ -ის თანმიმდევრობას, სადაც ისინი კოპირებენ. მაგრამ მათ არ შეუძლიათ დნმ -ის კოპირება de novo (ნულიდან). კოპირების პროცესი უნდა იყოს „დაწყებული“ ნუკლეოტიდების მოკლე თანმიმდევრობით, რომელიც ავსებს ინტერესის დნმ -ს. მათ უწოდებენ პრაიმერს და ისინი ეფექტურად ემსახურებიან გამოძიებას, რათა მიზნად დაისახონ კონკრეტული თანმიმდევრობის კოპირება, რომელიც თქვენ გჭირდებათ გასაძლიერებლად. და ეს არის ის, სადაც მეცნიერები დიდ ყურადღებას აქცევენ: პრაიმერის დიზაინს. ცუდი პრაიმერები არ იქნება ძალიან სპეციფიკური, ან არ იქნება ძალიან ეფექტური ამპლიფიკაციის პროცესში. რაც შეეხება "მანქანას", რომელიც რეალურად ამოიცნობს ასლებს, ბევრი ვარიანტია. ყველაზე ხშირად გამოიყენება კვლევისა და დიაგნოსტიკის ლაბორატორიებში, მოიცავს გაძლიერებული დნმ -ის შეღებვას ზოგიერთი მოლეკულა, რომელიც აკავშირებს ნუკლეინის მჟავებს (რაც ბევრია) და ვიზუალიზაციას დნმ -ის ელექტროფორეზის საშუალებით. ის, რასაც თქვენ წარმოიდგენთ, არის დნმ -ის ასლების პოპულაცია (შეღებვის შედეგად), ასე რომ თქვენ წინასწარ უნდა იცოდეთ რას უნდა ელოდოთ. მაგალითად, თქვენ ელოდებით მცირე ფრაგმენტს (რამდენიმე ასეული საბაზისო წყვილი) ან დიდს (რამდენიმე ათასი?). თქვენ გაქვთ "კიბე" (ასევე უწოდებენ მარკერს), რომელიც გაძლევთ შედარების მითითებას, როგორც ამ სურათზე:

ადამიანებმა იციან რას უნდა ელოდონ, რადგან მათ უკვე იციან დნმ (ან რნმ) თანმიმდევრობა, რომელსაც ისინი აძლიერებენ (წინააღმდეგ შემთხვევაში მათ არ შეეძლოთ სამიზნე პრაიმერების შემუშავება). მათ იციან თანმიმდევრობა, რადგან მათ გააკეთეს ნუკლეინის მჟავების თანმიმდევრობა (ლაბორატორიები, ჯანდაცვის ინსტიტუტები და ასე შემდეგ, ამას აკეთებენ ყოველთვის და თანმიმდევრობას დებენ ზოგიერთ პლატფორმაზე, მაგალითად, GeneBank).

"პოზიტიური" გაძლიერება მოგცემთ ზომას სავარაუდო ზომის დიაპაზონში და სხვა ზოლს (რადგან თქვენი პრაიმერები მიზნად ისახავს დნმ -ის კონკრეტულ თანმიმდევრობას). მაგრამ როგორც თქვენ აღნიშნეთ, არსებობს ასევე მულტიპლექს PCR რეაქცია. მასში თქვენ შეიმუშავებთ მრავალ პრაიმერს სხვადასხვა თანმიმდევრობის დასაზუსტებლად (ერთი და იგივე დნმ -ის ნიმუშის გამოყენებით -მაგალითად, პაციენტისგან ან ორგანიზმისგან), მაგრამ გადამოწმების პროცესი ძირითადად ერთი და იგივეა. აქ ადამიანები ფრთხილად არიან, რათა თავიდან აიცილონ რეაქციაზე დამატებულ პრაიმერებს შორის ჯვარედინი ურთიერთქმედება.

PCR არის ტექნიკის ოჯახი და არა ერთი. არსებობს ვარიაციები რეალურ პროცესში და ასევე "გამოვლენაში" (მაგალითად, qPCR იყენებს რეალური დრო ასლის ნომრების გამოვლენა). მაგრამ ზოგადი პრინციპი იგივეა: პრაიმერები სპეციფიკურია, ხოლო "გამოვლენის მოწყობილობა" ნამდვილად არ არის.


COVID-19 ONE-STEP RT-PCR KIT

საპირისპირო ტრანსკრიფციის პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (RT-PCR) არის სტანდარტული PCR ვარიანტი, რომელიც შედგება კონკრეტული mRNA– ს გაძლიერებული ფორმებისგან, მიღწეული წუთიანი ნიმუშებიდან. ის აღმოფხვრის მოთხოვნებს მძიმე mRNA გამწმენდის პროცედურისათვის, რომელიც საჭიროა ტრადიციული კლონირების პრაქტიკაში. RT-PCR– ში, სტანდარტული PCR რეაგენტების გარდა, გამოიყენება საპირისპირო ტრანსკრიპტაზა და RNA ნიმუში. რეაქციის ნარევი თბება 37 ˚C ტემპერატურაზე, რაც იძლევა cDNA წარმოებას რნმ -ის ნიმუშიდან საპირისპირო ტრანსკრიფციის მექანიზმის საშუალებით. ეს cDNA გამკვრივდება ერთ-ერთ პრაიმერამდე, რაც იწვევს პირველი ძაფის სინთეზს. სტანდარტული PCR გრძელდება, წარმოქმნის dsDNA.

პროცედურებში გამოყენებული პრაიმერები უნდა ემთხვეოდეს პროექტს. ოლიგო (დტ) პრაიმერები საკმარისია იმ შემთხვევაში, თუ საჭიროა უჯრედის მთლიანი mRNA გაძლიერება, რადგან ისინი მიმაგრებულია პოლი (A) კუდებზე. პირიქით, თუ კონკრეტული mRNA საჭიროებს გაძლიერებას, შეიძლება გამოყენებულ იქნას კოდირების რეგიონისათვის დამახასიათებელი პრაიმერი.

RT-PCR არის ზოგადი ვირუსოლოგიური დიაგნოსტიკური პროცედურა, ხშირად შერწყმული რაოდენობრივ რეალურ დროში PCR (qPCR), რომელიც ფართოდ გამოიყენება უჯრედებსა და ქსოვილებში რნმ-ის ტრანსკრიპტის დონის რაოდენობრივი განსაზღვრისათვის. რეალურ დროში PCR (qPCR) და საპირისპირო ტრანსკრიფციის PCR კომბინაცია მოხსენიებულია, როგორც რაოდენობრივი RT-PCR ან qRT-PCR

რა არის მულტიპლექს PCR?

მულტიპლექს პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია ეხება პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის გამოყენებას ერთდროულად რამდენიმე სხვადასხვა დნმ -ის თანმიმდევრობის გასაძლიერებლად. ეს პროცესი აძლიერებს დნმ-ს ნიმუშებში მრავალჯერადი პრაიმერისა და თერმულ ციკლში ტემპერატურის შუამავლობით დნმ პოლიმერაზის გამოყენებით.

Meril COVID-19 ერთი ნაბიჯის RT-PCR ნაკრები

ახალი კორონავირუსის (SARS-CoV-2) ეპიდემიის გამო, Meril Diagnostics– მა ინტენსიურად იმუშავა ახალი ერთსაფეხურიანი მულტიპლექსური რეალურ დროში RT-PCR ნაკრების შესაქმნელად, რომელიც ლაბორატორიებს საშუალებას მისცემს დიაგნოსტირება გაუკეთონ SARS-CoV-2 ინფექციით გამოწვეულ COVID-19– ს. სწრაფი და მარტივი ანალიზები. Meril Covid-19 ერთსაფეხურიანი Rt PCR ნაკრები არის სწრაფი, უაღრესად მგრძნობიარე მულტიპლექს დიაგნოსტიკური ნაკრები, რომელიც შეიცავს როგორც ანალიზს, ასევე კონტროლს, რომელიც საჭიროა რეალურ დროში რნმ-ის PCR გამოვლენისათვის SARS-CoV-2 ვირუსიდან.

ეს არის ერთი მილის მულტიპლექს PCR რეაქცია 2019-ncov– ის იდენტიფიკაციისა და გამოვლენისათვის. მისი პრაიმერი და ზონდის ნაზავი, რომელიც დაფუძნებულია ორმაგი სამიზნე გენის დიზაინზე, ორი დამადასტურებელი გენი ORF 1ab გენი და ნუკლეოპროტეინ N გენი ადამიანის ნიმუშში Sars COV 2 გამოვლენისათვის, ანალიტიკური ანალიტიკური სიზუსტით & lt 5 RNA ასლი/ რეაქციით, რაც მას Meril COVID- ს უქმნის. -19 ერთი ნაბიჯის RT_PCR ნაკრები უაღრესად მგრძნობიარე და სპეციფიკური ნაკრები SARS COV 2 რნმ -ის გამოვლენისათვის.

ნაკრები უაღრესად თავსებადია ღია დასრულებული RT PCR ინსტრუმენტებით FAM, HEX/VIC, RED/ROX არხებით. მარტივი პროტოკოლი, ანალიზის მინიმალური დრო და მაღალი სპეციფიკა და მგრძნობიარე ხდის მას იდეალურ არჩევანს თქვენი ლაბორატორიისთვის COVID 19 ეჭვმიტანილი პაციენტების გამოვლენისათვის.

Meril COVID-19 RT-PCR ნაკრები თავსებადია პოპულარულ გამოყენებითი ბიოსისტემებთან (ABI) 7500, BioRad CFX 96, Shanghai Hongshi SLAN-96P, QIAGEN Rotor Gene Q და სხვა PCR ინსტრუმენტები FAM, HEX/VIC, RED/ROX არხებით.

ამ ნაკრების პრაიმერისა და ზონდის ნაზავი იღებს ორმაგი სამიზნე გენის დიზაინს, რომელიც მიზნად ისახავს განსაკუთრებით დაცულ თანმიმდევრობას, რომელიც აკოდირებს ORF 1ab გენისა და ნუკლეოპროტეინ N გენის. შაბლონის და rsquos გაძლიერების რაოდენობრივი მონიტორინგი შესაძლებელია რეალურ დროში PCR ინსტრუმენტის მიერ გამოვლენილი ფლუორესცენციის სიგნალის გაზრდით, რადგან PCR რეაქციის ნაზავი მზად არის.

PCR გამოვლენის სისტემა მოიცავს ენდოგენური შიდა კონტროლის პრაიმერს და ზონდის ნარევს. შიდა კონტროლის შედეგი უზრუნველყოფს ზუსტი შერჩევისა და მოპოვების პროცესს, ცრუ უარყოფითი შედეგების თავიდან ასაცილებლად.

Დანიშნულებისამებრ გამოყენების:

ეს ნაკრები შექმნილია COVID-19 დაავადების გამოვლენისთვის რეალურ დროში PCR გამოყენებით. შედეგები შეიძლება გამოყენებულ იქნას COVID-19 ინფექციით დაავადებული პაციენტების დიაგნოზის დასამყარებლად და ინფიცირებული პაციენტების მოლეკულური დიაგნოსტიკის საფუძვლის უზრუნველსაყოფად.

ეს RT-PCR ნაკრები შეიძლება გამოყენებულ იქნას კლინიკური და საზოგადოებრივი ჯანდაცვის ლაბორატორიების მიერ, რათა სწრაფად შეაფასოს 94-მდე პაციენტის ნიმუში ერთი ნაკრებით, 3 საათის განმავლობაში. ნაკრები დამტკიცებულია რნმ-ის გამოსაყენებლად ნაზოფარინგალური ნაცხიდან, ნაზოფარინგალური ასპირატიდან (ცხვირის ასპირატი) და ბრონქოალვეოლარული ამორეცხვა (BAL) იმ პაციენტებისაგან, რომელთაც აქვთ SARS-CoV-2 ვირუსის ზემოქმედების რისკი ან აქვთ COVID-19 ნიშნები და სიმპტომები. 19

შედეგები არის SARS-CoV-2 რნმ-ის ამოცნობისთვის. ინფექციის მწვავე ფაზის დროს, SARS-CoV-2 რნმ ჩვეულებრივ ვლინდება ზემოაღნიშნულ რომელიმე ნიმუშში. დადებითი შედეგები მიუთითებს SARS-CoV-2 რნმ-ის არსებობაზე, თუმცა პაციენტის ისტორიასთან კლინიკური კავშირი და სხვა დიაგნოსტიკური ინფორმაცია აუცილებელია პაციენტის ინფექციის სტადიის დასადგენად. დადებითი შედეგები არ გამორიცხავს ბაქტერიულ ინფექციას ან სხვა ვირუსებთან თანაინფიცირებას. გამოვლენილი აგენტი შეიძლება არ იყოს დაავადების გარკვეული მიზეზი.
ასევე, ნეგატიური შედეგები არ ახდენს დისკვალიფიკაციას SARS-CoV-2 ინფექციაზე და, შესაბამისად, არ უნდა იქნას გამოყენებული როგორც ერთადერთი საფუძველი პაციენტის მართვის გადაწყვეტილების მისაღებად. ნეგატიური შედეგები უნდა გაერთიანდეს კლინიკური დაკვირვებით, პაციენტის ისტორიით და ეპიდემიოლოგიური ინფორმაციით.

Meril COVID-19– ის ერთი საფეხურიანი RT PCR ნაკრებით შეფასება განკუთვნილია კვალიფიციური და გაწვრთნილი კლინიკური ლაბორატორიის პერსონალის მიერ, სპეციალურად დავალებული და გაწვრთნილი რეალურ დროში PCR პროცედურებში და ინ ვიტრო დიაგნოსტიკის პროცედურებში.

ამ ნაკრების ტესტის შედეგები განკუთვნილია მხოლოდ კლინიკური მითითებისთვის და არ უნდა იქნას გამოყენებული როგორც ერთადერთი მითითება კლინიკური დიაგნოზისთვის. ინკლუზიური ანალიზის ჩატარება გვთავაზობს ტესტის შედეგების პაციენტებთან & rsquo სიმპტომებთან და სხვა ლაბორატორიულ ტესტებთან ერთად.


როგორ მუშაობს ანტიგენისა და მოლეკულური ტესტები?

ვირუსები გამრავლებისთვის მასპინძელს მოითხოვს. ვირუსი იტაცებს მასპინძლის უჯრედებს, რათა წარმოქმნას საკუთარი თავის უფრო ვირუსული ასლები. SARS-CoV-2 ვირუსის გენომიკური მასალა არის რიბონუკლეინის მჟავა (რნმ), რომელიც რჩება სხეულში, სანამ ვირუსი ჯერ კიდევ მრავლდება და მრავლდება. სადიაგნოსტიკო ტესტები ეძებენ ამ რეპლიკაციის პროცესის მტკიცებულებებს-რომ უფრო მეტი ვირუსი მზადდება-COVID-19– ის აქტიური ინფექციის დასადგენად.

ანტიგენის სადიაგნოსტიკო ტესტები გამოავლენს ვირუსის გარე სტრუქტურულ მახასიათებლებს, სახელწოდებით ანტიგენები - მცირე ცილები, რომლებიც ქმნიან ვირუსს - რომელიც შეიძლება იყოს პაციენტის ნიმუშში.

ანტიგენის დიაგნოსტიკური ტესტები მუშაობს:

  • უფრო დიდი მტკიცებულებების პოვნა, რომ SARS-CoV-2 ვირუსი აქტიურად აინფიცირებს ადამიანს
  • SARS-CoV-2 ვირუსის გარედან სპეციფიკური, სამგანზომილებიანი ანტიგენების გამოვლენა

მოლეკულური ტესტები აძლიერებს ვირუსული რნმ -ის ნაწილაკებს ისე, რომ ვირუსული ინფექცია შეიძლება გამოვლინდეს სპეციალიზებული ტესტის გამოყენებით.   ეს ტესტები ასევე მოიხსენიება როგორც ნუკლეინის მჟავის გამაძლიერებელი ტესტები (NAAT). პროცედურა იწყება პოტენციურად ინფიცირებული პირის ცხვირის ან პირის (ნერწყვის) ნიმუშის აღებით, სადაც შესაძლოა ვირუსი აღმოჩნდეს. თუ SARS-CoV-2 წარმოდგენილია ნიმუშში, მაშინ ვირუსული გენომური მასალის დაბალი დონეც კი შეიძლება გაიზარდოს მილიონობით ასლში, რომელიც გამოვლენილია მოლეკულური დიაგნოსტიკური ანალიზის დროს. თუ ადამიანი ინფიცირებულია, ვირუსული რნმ გამოვლინდება და გამოიღებს დადებითი ტესტის შედეგს, თუ ადამიანი არ არის ინფიცირებული, ვირუსული რნმ არ იქნება კოპირებული ან გამოვლენილი, რაც გამოიწვევს ტესტის უარყოფით შედეგს. სიგნალის გაძლიერება საშუალებას იძლევა გამოვლინდეს თუნდაც მცირე რაოდენობით ვირუსი. სადიაგნოსტიკო ტესტების ეს კატეგორია მოიცავს პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის (PCR) ტესტებს, მარყუჟის შუამავლობით იზოთერმულ გაძლიერებას (LAMP) და კლასტერულ, რეგულარულად ერთმანეთთან მოკლე პალინდრომული განმეორებითი (CRISPR) საფუძველზე ანალიზებს. არსებობს მრავალფეროვანი მოლეკულური დიაგნოსტიკა და ზოგი იძლევა უფრო სწრაფ შედეგს, ვიდრე ტრადიციული PCR დაფუძნებული მეთოდები. ეს სწრაფი მოლეკულური ტესტები მოიცავს LAMP- ს, რომელსაც შეუძლია შედეგების მიღება წუთებში და არა საათებში. სწრაფი მოლეკულური ტესტები, რომლებიც იყენებენ ტექნიკას, როგორიცაა LAMP, ძალიან სპეციფიკურია, მაგრამ ასევე ძალიან მგრძნობიარეა, რადგან ისინი აძლიერებენ გენომის მასალას პაციენტის ნიმუშში. მნიშვნელოვანია, რომ ყველა სწრაფი დიაგნოსტიკური ტესტი არ არის ანტიგენის ტესტი - ზოგიერთი არის სწრაფი მოლეკულური ტესტი, რომელიც ძალიან მგრძნობიარეა, მაგრამ იძლევა შედეგს წუთებში.

მოლეკულური დიაგნოსტიკური ტესტები მუშაობს:

  • გამოვლენა, რომ SARS-CoV-2 ვირუსი აქტიურად აინფიცირებს ადამიანს
  • SARS-CoV-2 ვირუსის მცირე სეგმენტების მილიონობით ასლის შექმნა, თუ ის პაციენტის ნიმუშშია, სიგნალის გაძლიერება
  • მილიონობით ასლის გამოვლენა სპეციალიზებულ მანქანებზე

ტესტირება SARS-CoV-2 ინფექციისთვის

მრავალი კატეგორიის ტესტი გამოიყენება SARS-CoV-2, 1-ის გამოსავლენად და მათი შესრულების მახასიათებლები განსხვავდება.

  • ზოგიერთი ტესტი იძლევა შედეგს სწრაფად (წუთებში), ზოგი მოითხოვს დრო დამუშავებას.
  • ზოგი უნდა შესრულდეს ლაბორატორიაში გაწვრთნილი პერსონალის მიერ, ზოგი შეიძლება შესრულდეს მოვლის ადგილზე, ზოგი კი შეიძლება შესრულდეს სახლში.
  • ზოგიერთი ტესტი ძალიან მგრძნობიარეა (ანუ, რამდენიმე ცრუ უარყოფითი შედეგი ან რამდენიმე გამოტოვებული გამოვლენა SARS-CoV-2), ზოგი ძალიან სპეციფიკურია (ანუ, რამდენიმე ცრუ დადებითი შედეგი ან რამდენიმე ტესტი, რომელიც არასწორად განსაზღვრავს SARS-CoV-2, როდესაც ვირუსი არ არის არსებობს) და ზოგიერთი მათგანი მგრძნობიარე და სპეციფიკურია.
  • ზოგიერთი ტესტის ჩატარება შესაძლებელია ხშირად, რადგან ისინი უფრო იაფია, უფრო ადვილი გამოსაყენებელია და მარაგები ხელმისაწვდომია.

SARS-CoV-2 ტესტების შერჩევა და ინტერპრეტაცია უნდა ეფუძნებოდეს იმ კონტექსტს, რომელშიც ისინი გამოიყენება, მათ შორის SARS-CoV-2 გავრცელების გავრცელება მოსახლეობაში (იხ. ცხრილი 1) და სტატუსი (ნიშნები, სიმპტომები , კონტაქტები) პირის ტესტირება.

ტესტის ტიპები

ვირუსული ტესტები, მათ შორის ნუკლეინის მჟავის გამაძლიერებელი ტესტები (NAATs) და ანტიგენის ტესტები გამოიყენება როგორც დიაგნოსტიკური ტესტები ინფექციის გამოვლენა SARS-CoV-2– ით და აცნობოს ინდივიდს & rsquos სამედიცინო დახმარებას. ვირუსული ტესტები ასევე შეიძლება გამოყენებულ იქნას როგორც სკრინინგის ტესტები SARS-CoV-2– ის გადაცემის შესამცირებლად, ინფიცირებული პირების გამოვლენით, რომელთაც სჭირდებათ სხვებისგან იზოლირება. იხილეთ FDA & rsquos სია In Vitro Diagnostics გადაუდებელი გამოყენების ავტორიზაციების გარე ხატი დამატებითი ინფორმაციისათვის კონკრეტული ავტორიზებული ტესტების შესრულების შესახებ.

    NAAT– ები, როგორიცაა რეალურ დროში საპირისპირო ტრანსკრიფცია-პოლიმერაზას ჯაჭვური რეაქცია (RT-PCR), არის მაღალი მგრძნობელობის, მაღალი სპეციფიკური ტესტები SARS-CoV-2 ინფექციის დიაგნოსტიკისთვის. NAAT– ები აღმოაჩენენ ერთ ან მეტ ვირუსულ რიბონუკლეინის მჟავას (RNA) გენს და მიუთითებენ მიმდინარე ინფექციაზე ან ბოლოდროინდელ ინფექციაზე, მაგრამ ვირუსული რნმ – ის გახანგრძლივებული გამოვლენის გამო, ყოველთვის არ არის პირდაპირი მტკიცებულება ვირუსის არსებობაზე, რომელსაც შეუძლია გამეორდეს ან გადაეცეს სხვას. NAAT– ების უმეტესობა უნდა დამუშავდეს ლაბორატორიაში და შედეგების დრო შეიძლება განსხვავდებოდეს (

ანტიგენის ტესტისა და დამადასტურებელი NAAT– ის შედეგების სწორი ინტერპრეტაცია, როდესაც მითითებულია, მნიშვნელოვანია.

ტესტის დადებითი შედეგები ინფიცირებული პირების იდენტიფიკაციისა და იზოლაციის საშუალებას, ასევე შემთხვევის გასაუბრება შემთხვევის იდენტიფიცირებისა და შეტყობინებისათვის rsquos მჭიდრო კონტაქტი (ებ) ი ექსპოზიციისა და კარანტინის აუცილებლობის შესახებ.

ტესტის უარყოფითი შედეგები იმ ადამიანებში, რომლებსაც აქვთ ცნობილი SARS-CoV-2 ექსპოზიცია არ მიუთითებს ინფექციის ამჟამინდელ მტკიცებულებაზე. ეს შედეგები წარმოადგენს ნიმუშის შეგროვების დროის სურათს და შეიძლება შეიცვალოს, თუ იგივე ტესტი ხელახლა ჩატარდება ერთ ან მეტ დღეში. უარყოფითი შედეგის მქონე ვაქცინირებულმა პირებმა უნდა გააგრძელონ კარანტინი 14 დღის განმავლობაში ან იმ პერიოდის განმავლობაში, რაც დადგენილია საზოგადოებრივი ჯანდაცვის ადგილობრივი ორგანოების მიერ. სრულად აცრილ ადამიანებს, რომლებსაც არ აქვთ COVID– ის მსგავსი სიმპტომები, არ სჭირდებათ კარანტინირება ან ტესტირება ვიღაცაზე ეჭვმიტანილი ან დადასტურებული COVID-19– ით კონტაქტის შემდეგ, რადგან მათი ინფიცირების რისკი დაბალია. საკარანტინო და სრულად ვაქცინირებული ადამიანების ტესტირების მიზნით, ეწვიეთ საზოგადოებრივი ჯანდაცვის დროებით რეკომენდაციებს სრულად ვაქცინირებული ადამიანებისთვის დამატებითი ინფორმაციისათვის.

უარყოფითი ტესტი შედეგები ადამიანებში სიმპტომების გარეშე და ცნობილი ექსპოზიცია არ მიუთითებს ინფექციაზე. ტესტირების ყველა პირმა, შედეგების მიუხედავად, უნდა მიიღოს კონსულტაცია რისკების შემცირების ქცევის გაგრძელების შესახებ, რაც ხელს შეუწყობს SARS-CoV-2– ის გადაცემის თავიდან აცილებას (მაგ., ნიღბების ტარება, ფიზიკური დისტანცია, ხალხის არიდება და ცუდად ვენტილირებადი სივრცეები).

ანტისხეულების (ან სეროლოგიური) ტესტები გამოიყენება SARS-CoV-2– ით წინა ინფექციის გამოსავლენად და შეუძლია დაეხმაროს ბავშვებში მრავალსისტემური ანთებითი სინდრომის დიაგნოზში (MIS-C) და მოზრდილებში (MIS-A) 2. CDC არ გირჩევთ გამოიყენოთ ანტისხეულების ტესტირება მიმდინარე ინფექციის დასადგენად. ვინაიდან ვიღაც იყო ინფიცირებული და ტესტის დროდან გამომდინარე, ტესტმა შესაძლოა არ გამოავლინოს ანტისხეულები მიმდინარე ინფექციის მქონე პირში. გარდა ამისა, ამჟამად უცნობია მიუთითებს თუ არა ანტისხეულების ტესტის დადებითი შედეგი იმუნიტეტზე SARS-CoV-2– ის მიმართ, ამიტომ ამ დროს ანტისხეულების ტესტები არ უნდა იქნას გამოყენებული იმის დასადგენად, არის თუ არა ადამიანი იმუნური რეინფექციისგან. ანტისხეულების ტესტირება გამოიყენება საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის მონიტორინგისა და ეპიდემიოლოგიური მიზნებისათვის. ვინაიდან ანტისხეულების ტესტებს შეიძლება ჰქონდეთ განსხვავებული სამიზნეები ვირუსზე, შეიძლება საჭირო გახდეს სპეციფიკური ტესტები წარსული ინფექციიდან წარმოშობილი ანტისხეულების შესაფასებლად ვაქცინაციისგან. მეტი ინფორმაციისთვის COVID-19 ვაქცინების და ანტისხეულების ტესტის შედეგების შესახებ, იხილეთ შეერთებულ შტატებში გაკეთებული mRNA COVID-19 ვაქცინების გამოყენების შუალედური კლინიკური მოსაზრებები.

ტესტირების სცენარების მიმოხილვა

დიაგნოსტიკური ტესტირება მიზნად ისახავს ინდივიდების მიმდინარე ინფექციის იდენტიფიცირებას და ტარდება მაშინ, როდესაც ადამიანს აქვს ნიშნები ან სიმპტომები, რომლებიც შეესაბამება COVID-19– ს, ან როდესაც ადამიანი ასიმპტომურია, მაგრამ ბოლო დროს ცნობილია ან ეჭვმიტანილია SARS-CoV-2– ზე ზემოქმედება.

დიაგნოსტიკური ტესტების მაგალითებია:

  • ადამიანების ტესტირება, რომლებსაც აქვთ სიმპტომები, რომლებიც შეესაბამება COVID-19– ს და რომლებიც წარადგენენ თავიანთ ჯანდაცვის პროვაიდერს
  • ადამიანების ტესტირება კონტაქტების მიკვლევის მცდელობების შედეგად
  • ადამიანების ტესტირება, რომლებიც მიუთითებენ იმაზე, რომ ისინი დაუცველები იყვნენ ვიღაცასთან COVID-19– ით დადასტურებული ან ეჭვმიტანილი
  • ადამიანების ტესტირება, რომლებიც დაესწრნენ ღონისძიებას, სადაც სხვა დამსწრე მოგვიანებით დადასტურდა, რომ ჰქონდა COVID-19

სკრინინგის ტესტები მიზნად ისახავს დაინფიცირებული ადამიანების იდენტიფიცირებას, რომლებიც ასიმპტომურია და არ იცნობენ, ეჭვმიტანილი ან აღნიშნავენ SARS-CoV-2– ზე ზემოქმედებას. სკრინინგი ხელს უწყობს უცნობი შემთხვევების იდენტიფიცირებას, რათა მოხდეს ზომების მიღება შემდგომი გადაცემის თავიდან ასაცილებლად.

სკრინინგის მაგალითები მოიცავს:

  • თანამშრომლების ტესტირება სამუშაო ადგილზე
  • სტუდენტების, ფაკულტეტებისა და პერსონალის ტესტირება სკოლაში ან უნივერსიტეტში
  • მოგზაურობის დაწყებამდე ან მის შემდეგ პირის ტესტირება
  • სახლში ტესტირება მათთვის, ვისაც არ აქვს COVID-19– თან დაკავშირებული სიმპტომები და არ არის ცნობილი კონტაქტები ვინმეს COVID-19– ით

საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის ზედამხედველობა მიზნად ისახავს მოსახლეობის დონის დაავადების ტვირთის მონიტორინგს, ან დაავადების შემთხვევებისა და გავრცელების დახასიათებას. მეთვალყურეობის ტესტირება ძირითადად გამოიყენება ინფორმაციის მოსაპოვებლად მოსახლეობის დონეზე და არა ინდივიდუალურ დონეზე. მეთვალყურეობის ტესტირების შედეგები არ ეცნობება ინდივიდს. ამრიგად, სათვალთვალო ტესტირება არ შეიძლება გამოყენებულ იქნას ინდივიდუალური ჯანმრთელობის დაცვის გადაწყვეტილების მიღებისას ან საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის ინდივიდუალური ქმედებებისთვის, როგორიცაა იზოლაცია ან კარანტინი.

სათვალთვალო ტესტირების მაგალითია ჩამდინარე წყლების მონიტორინგი.

ტესტის არჩევა

ტესტის არჩევისას მნიშვნელოვანია გვესმოდეს ტესტირების მიზანი (მაგ., დიაგნოსტიკა, სკრინინგი), ტესტის ანალიტიკური შესრულება საზოგადოების გადაცემის დონის კონტექსტში, სწრაფი შედეგების საჭიროება და სხვა მოსაზრებები (იხ. ცხრილი 1). მაგალითად, ანტიგენის უაღრესად სპეციფიკურ ტესტსაც კი შეიძლება ჰქონდეს ცუდი დადებითი პროგნოზირებადი მნიშვნელობა (ანუ ცრუ დადებითი პოზიტივის დიდი რაოდენობა), როდესაც გამოიყენება საზოგადოებაში, სადაც ინფექციის გავრცელება დაბალია. როგორც დამატებითი მაგალითი, ლაბორატორიულად დაფუძნებული NAAT- ის გამოყენება მაღალი გადაცემის მქონე და გაზრდილი ტესტის მოთხოვნით შეიძლება გამოიწვიოს დიაგნოსტიკური შეფერხება დამუშავების დროისა და შედეგების დაბრუნების დროის გამო. NAAT და ანტიგენის ტესტების დადებითი და უარყოფითი პროგნოზირებადი ღირებულებები განსხვავდება წინასწარი გამოცდის ალბათობის მიხედვით. ყველაზე დიდი ალბათობა ითვალისწინებს როგორც საზოგადოების გადაცემის დონის გავრცელებას, ასევე ტესტირებადი ინდივიდის კლინიკურ კონტექსტს. არსებობს დამატებითი ინფორმაცია მგრძნობელობის, სპეციფიკის, დადებითი და უარყოფითი პროგნოზირების ღირებულებების შესახებ ანტიგენის ტესტებისა და ანტისხეულების ტესტებისათვის და წინასწარი ალბათობის პროგნოზირების ალბათობისა და დადებითი და უარყოფითი პროგნოზირებადი ღირებულებების ალბათობას შორის ურთიერთობის შესახებ. ასევე იხილეთ FDA & rsquos წერილები კლინიკური ლაბორატორიის პერსონალისა და ჯანდაცვის პროვაიდერებისთვის ანტიგენის ტესტების გარე ხატის მქონე ცრუ დადებითი შედეგების პოტენციალით და მოლეკულური ტესტებით ცრუ-უარყოფითი შედეგების პოტენციალით, თუკი SARS-CoV-2 გარე ხატის გენეტიკური ვარიანტი ხდება ტესტით შეფასებული ვირუსული გენომის ნაწილი.

ცხრილი 1 აჯამებს NAAT- ებისა და ანტიგენის ტესტების ზოგიერთ მახასიათებელს, რომელიც გასათვალისწინებელია ტესტირების პროგრამისთვის. ანტიგენის ტესტების უმრავლესობა, რომელმაც მიიღო EUA FDA– ს გარე ხატის გარე ხატიდან, უფლებამოსილია სიმპტომური პირების შესამოწმებლად სიმპტომების დაწყებიდან პირველი 5, 7, 12 ან 14 დღის განმავლობაში. SARS-CoV-2– ის SARS-CoV-2 ინფექციით ასიმპტომური და პრესიმპტომური პირებიდან SARS-CoV-2– ის გადაცემის რისკის გათვალისწინებით, შეიძლება განვიხილოთ ანტიგენის ტესტების გამოყენება ასიმპტომურ და პრესიმპტომურ პირებში. FDA– მ მიაწოდა კითხვების ჩამონათვალი ჯანდაცვის პროვაიდერებს, რომლებიც იყენებენ დიაგნოსტიკურ ტესტებს ასიმპტომური პირების გარე ხატის სკრინინგისთვის, ხოლო Medicare & amp; amp; Medicaid Services ცენტრები დროებით განახორციელებენ გარე შეხედულებისამებრ გარე ხატს, რათა მოხდეს ასიმპტომურ პირებში ანტიგენის ტესტების გამოყენება. COVID-19 საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის გადაუდებელი პერიოდის ხანგრძლივობა 1988 წლის კლინიკური ლაბორატორიული გაუმჯობესების ცვლილებების შესაბამისად (CLIA). ლაბორატორიებს, რომლებიც ატარებენ SARS-CoV-2 სკრინინგის ან დიაგნოსტიკურ ტესტირებას, უნდა ჰქონდეთ CLIA სერთიფიკატი და აკმაყოფილებენ მარეგულირებელ მოთხოვნებს. ტესტები, რომლებმაც მიიღეს EUA FDA– სგან ზრუნვის ადგილისთვის (POC), შეიძლება შესრულდეს CLIA– ს უარის თქმის სერტიფიკატით.


ანტიგენის ტესტები

ანტიგენის ტესტებს შეუძლიათ შედეგების შემობრუნება წუთებში და სიჩქარე მოდის კომპრომისებით.

PCR ტესტების მსგავსად, ანტიგენის ტესტები ჩვეულებრივ მოითხოვს ცხვირის ან ყელის ტამპონს. PCR ტესტებისგან განსხვავებით, რომლებიც ეძებენ გენეტიკურ მასალას SARS-CoV-2 ვირუსისგან, ანტიგენის ტესტები ეძებენ ცილებს, რომლებიც ცხოვრობენ ვირუსის ზედაპირზე. ეს პროცესი ცოტა ნაკლებად შრომატევადია ვიდრე PCR ტესტირება, ვინაიდან არ არის იმდენი ქიმია ჩართული, მაგრამ ის ასევე ნაკლებად მგრძნობიარეა. მეჰტა ამბობს, რომ ის ხსნის კარს შესაძლო ცრუ პოზიტივისთვის (თუ ტესტი აიღებს ცილებს, რომლებიც SARS-CoV-2– ის მსგავსია) ან უარყოფითს (თუ ის მთლიანად გამოტოვებს ცილებს). ცრუ დადებითი ანტიგენის ტესტებთან შედარებით იშვიათია, მაგრამ გავრცელებული შედეგების ნახევარი არაზუსტია. თუ თქვენ გაქვთ უარყოფითი ტესტი, მაგრამ გაქვთ სიმპტომები ან გქონდათ სარისკო კონტაქტი, ექიმმა შეიძლება დანიშნოს PCR ტესტი შედეგის დასადასტურებლად.

მიუხედავად იმისა, რომ ანტიგენის ტესტირება უფრო გავრცელებული ხდება აშშ -ში, ჯერჯერობით მხოლოდ რამდენიმე ასეთი ტესტი დამტკიცებულია FDA– ს მიერ. ისევე, როგორც სწრაფი გენეტიკური ტესტების დროს, ზოგიერთი ექსპერტი ამტკიცებს, რომ სწრაფად მოძრავი ანტიგენის ტესტებმა შეიძლება ხელი შეუწყოს ტესტირების შეფერხებას იმდენად, რამდენადაც ანაზღაურებს მათ შემცირებულ სიზუსტეს.


RT-PCR, როგორც COVID-19 დიაგნოსტიკის ფრონტალური დიაგნოსტიკური მეთოდი

მოლეკულური დიაგნოსტიკური მიდგომები სათანადოა სინდრომული ტესტირების სხვა მიდგომებთან შედარებით, რადგან მოლეკულური დიაგნოზი მიზნად ისახავს პათოგენის გენომს ან პროტეომს, რითაც ის გახდება დიაგნოზის კონკრეტული და საიმედო მეთოდი (Zhou et ਊl., 2020b). ახალი პათოგენის თანმიმდევრობა და დიაგნოზი აუცილებელი ხდება პათოგენის ბუნების და მისი გენომიკური შემადგენლობის ამოცნობა. შემთხვევითი გაძლიერება და ღრმა თანმიმდევრობის სტრატეგიები გადამწყვეტ როლს თამაშობდნენ SARS-CoV-2– ის ადრეულ იდენტიფიკაციაში, რომელიც შემდგომში დადასტურდა, რომ კორონავირუსის ოჯახის წევრია. მეშვეობით სხვადასხვა ბიოინფორმატიული მიდგომები (Briese et ਊl., 2014). მეტაგენომური თანმიმდევრობის გამოყენებით, პირველი გენომიკური თანმიმდევრობა ჩატარდა SARS-CoV-2– ისთვის (მილერი და ਊl., 2019 შერიდანი 2020 ა). 2020 წლის 10 იანვარს, დასკვნები გამოქვეყნდა და თანმიმდევრობები გადაეცა GenBank– ის მიმდევრობის საცავში (Wu et ਊl., 2020). SARS-CoV-2– ის მთელი გენომის თანმიმდევრობის საჯარო მონაცემთა ბაზებში გავრცელებამ მეცნიერებს გაუადვილა შემუშავება პრაიმერები და ზონდები COVID-19– ის ლაბორატორიული დიაგნოზის ჩასატარებლად (Corman et ਊl., 2020). ამ ვირუსის იდენტიფიკაციის შემდეგ, ჯანმო-მ გვირჩია რეალურ დროში საპირისპირო ტრანსკრიფციის პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (რეალურ დროში RT-PCR), რომელიც ნუკლეინის მჟავაზე დაფუძნებული ტექნიკაა, როგორც ფრონტალური დიაგნოსტიკური მიდგომა ეჭვმიტანილ პაციენტებში SARS-CoV-2 ინფექციის გამოვლენის მიზნით. RT-PCR არის უაღრესად მგრძნობიარე და შეუძლია გამოავლინოს ინფექცია პაციენტის ნიმუშში არსებული პათოგენის მცირე დონეზე. ეს არის ნუკლეინის მჟავაზე დაფუძნებული ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ნიმუშში არსებული სამიზნე გენის/ნუკლეოტიდის გასაძლიერებლად, რაც ეხმარება კონკრეტული პათოგენის გამოვლენაში და მისი დისკრიმინაცია სხვა დაკავშირებული პათოგენებისგან. როგორც წესი, RT-PCR– ის შესრულების ორი შესაძლო გზა არსებობს ერთსაფეხურიანი ან ორეტაპიანი ანალიზის ჩათვლით. ერთი საფეხურიანი ანალიზი აერთიანებს საპირისპირო ტრანსკრიფციას და PCR გაძლიერებას ერთ მილში, რითაც გამოვლენის პროცესი ხდება სწრაფი და რეპროდუქციული, თუმცა, ეს ანალიზი იძლევა უფრო დაბალი სამიზნე ამპლიკონის წარმოქმნას. ორსაფეხურიანი ანალიზის შემთხვევაში რეაქციები თანმიმდევრულად ტარდება ორ ცალკეულ მილში, რაც მას შრომატევადია, მაგრამ მგრძნობიარე გამოცდა ერთსაფეხურიანი ანალიზის ფორმატთან შედარებით (ვონგი და მედრანო, 2005).

მიუხედავად იმისა, რომ თერთმეტი ნუკლეინის მჟავაზე დაფუძნებული პროტოკოლი და რვა ანტისხეულების გამოვლენის ნაკრები დამტკიცებულია ჩინეთში სამედიცინო პროდუქტის ეროვნული ადმინისტრაციის (NMPA) მიერ, PCR განიხილებოდა, როგორც სასურველი დიაგნოსტიკური ტექნიკა. აშშ-ს დაავადებათა კონტროლისა და პრევენციის ცენტრები (CDC) იყენებს ერთსაფეხურიან PCR ფორმატს COVID-19– ის დიაგნოსტიკისთვის (https://www.fda.gov/media/134922/download). ანალიზი ტარდება რნმ-ის ნიმუშიდან იზოლირებით და დამატებით მთავარ ნარევში, რომელიც შეიცავს წინ და უკანა პრაიმერებს, ნუკლეაზას თავისუფალ წყალს, რეაქციის ნარევს (საპირისპირო ტრანსკრიპტაზა, პოლიმერაზა, ნუკლეოტიდები, მაგნიუმი და სხვა დანამატები). PCR თერმოციკლერი დატვირთულია მოპოვებული რნმ -ით და მასტერიქსით, ხოლო ტემპერატურა დაყენებულია PCR რეაქციის გასაშვებად (https://www.fda.gov/media/134922/download). ამ რეაქციის დროს ფლუოროფორის ჩამქრობი ზონდის გახლეჩა წარმოქმნის ფლუორესცენციის სიგნალს, რომელიც გამოვლენილია თერმოციკლერის მიერ და ჩაწერილია გაძლიერების პროგრესი. RT-PCR რეაქციის გაშვებისას უნდა შეიცავდეს პოზიტიურ და უარყოფით კონტროლს, რაც შედეგების ინტერპრეტაციას ამარტივებს და ამკაცრებს (Chan et ਊl., 2020). RT-PCR და ზოგიერთ ბიოსენსორზე დაფუძნებული სადიაგნოსტიკო ნაკრები შეიძლება გამოავლინოს SARS-CoV-2 ნუკლეოტიდები ფეკალურ ნიმუშებში ან საკანალიზაციო წყალში, რაც შეიძლება იყოს გაფრთხილება კონკრეტულ მხარეში ინფექციური დაავადების გავრცელების შესახებ. SARS-CoV-2 შეიძლება გადარჩეს საათებიდან დღეებამდე დაუმუშავებელ საკანალიზაციო წყალში (Orive et ਊl., 2020).

RT-PCR არის მგრძნობიარე და სწრაფი გამოვლენის ინსტრუმენტი მოლეკულურ დიაგნოსტიკაში. მას შეუძლია აღმოაჩინოს და გაზარდოს კონკრეტული გენომიკური თანმიმდევრობის რამდენიმე ეგზემპლარი სხვადასხვა ნიმუშში, მაგრამ დამოკიდებულია გარკვეულ ასპექტებზე საიმედო შედეგების მიცემა, როგორიცაა ნიმუშების სათანადო შეგროვება, ტრანსპორტირება, შენახვა და დამუშავება (Afzal, 2020). იგი გამოიყენება სხვადასხვა ვირუსების გამოვლენისთვის, როგორიცაა ადენოვირუსი, როტავირუსი, ასტროვირუსები და მრავალი ნაწლავის ვირუსები იზოლირებული ფეკალური ნიმუშებიდან (Kowada et ਊl., 2018). ამ ტექნიკის მთავარი ნაკლი არის კარგად აღჭურვილი ლაბორატორიისა და ტექნიკური პერსონალის საჭიროება ექსპერიმენტის ჩასატარებლად, რაც ვერ შეამცირებს სწრაფი ტესტირების გაზრდილ მოთხოვნას პანდემიურ სიტუაციებში, როგორიცაა COVID-19 (ბუსტინი და ნოლანი, 2004). RT-PCR დაფუძნებული ნაკრები ძალიან ძვირია და შედეგის მიწოდებას დიდი დრო სჭირდება, ამიტომ აუცილებელია სხვა სწრაფი და საიმედო დიაგნოსტიკური მეთოდების ძებნა (Hofman et ਊl., 2020 Sheridan 2020b).


რეიჩელ ვესტის, გიგი კვიკ გრონვალის და ამანდა კობოკოვიჩის მიერ#160 | 2021 წლის 2 თებერვალი

რამდენიმე თვის წინ, შეშფოთება COVID-19 სადიაგნოსტიკო ტესტირების შესახებ იყო ძირითადად ტესტის ხელმისაწვდომობის საკითხი და დაუბრუნდა თუ არა შედეგები იმდენად მალე, რომ საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის სხვაობა იყოს.

ახლა, SARS-CoV-2 ვარიანტებმა და COVID-19 ვაქცინაციის კამპანიებმა გაზარდეს სირთულე COVID-19 ტესტირებისთვის. ვაქცინაცია გამოიწვევს არაზუსტ შედეგებს დიაგნოსტიკური ან სეროლოგიური ტესტით. კარგი ამბავი ის არის, რომ ახლა გამოყენებული დიაგნოსტიკური ტესტების უმეტესობა ზუსტი იქნება სხვადასხვა შტამებთან და ვაქცინაცია არ უნდა ჩაერიოს დიაგნოსტიკურ ან ანტისხეულების ტესტებში. თუმცა, სადიაგნოსტიკო ტესტის სიზუსტის შენარჩუნება კიდევ ერთი მიზეზია იმისა, თუ რატომ არის SARS-CoV-2– ის ახალი ვარიანტების მეთვალყურეობა კრიტიკულად მნიშვნელოვანი და რატომ უნდა წავიდეთ წინ ვაქცინაციის პროგრამებით რაც შეიძლება სწრაფად. ტესტირების შედეგებთან დაკავშირებით შეშფოთებით და როგორ უკავშირდება ისინი ვაქცინაციას, მნიშვნელოვანია გავიგოთ ტესტირების სიზუსტე და შესაბამისობა.

SARS-CoV-2 ვარიანტები და მოლეკულური დიაგნოსტიკა: ისინი ჯერ კიდევ ზუსტია?

SARS-CoV-2 ვარიანტი ფართოდ ვრცელდება სულ მცირე 37 ქვეყანაში, მათ შორის შეერთებულ შტატებში. შეშფოთების განსაკუთრებული ვარიანტები, რომლებიც უფრო გადამდებია, მოიცავს B.1.1.7, თავდაპირველად თანმიმდევრობით გაერთიანებულ სამეფოში და 501Y.V2, თავდაპირველად თანმიმდევრობით სამხრეთ აფრიკაში. ამ ვარიანტების გაჩენა იწვევს შეშფოთებას მოლეკულურ დიაგნოსტიკურ ტესტებთან დაკავშირებით, რომლებიც შეიძლება გამოყენებულ იქნას SARS-CoV-2 ინფექციის დასადგენად, თუ ვარიანტს განსხვავებული გენეტიკური თანმიმდევრობა აქვს გამოცდის შედეგად გამოვლენილ არეში, ის პოტენციურად არ დაუსვამს დიაგნოზს SARS-CoV-2 რასაც ცრუ უარყოფითი შედეგი მოჰყვება. სინამდვილეში, B.1.1.7– ის პირველადი იდენტიფიკაცია ნაწილობრივ განპირობებული იყო სადიაგნოსტიკო ტესტის საკითხით, რომელსაც ეწოდება S- გენის სამიზნე უკმარისობა. ეს ტექნიკური უკმარისობა ბადებს კითხვას ამჟამად გამოყენებული მოლეკულური დიაგნოსტიკის შესაძლებლობის შესახებ საიმედოდ განსაზღვროს მომავალი SARS-CoV-2 ინფექციები. შეშფოთების ორივე ვარიანტს აქვს მუტაციები ცილის ცილაში, მათ შორის პოზიცია N501Y ორივეში და Δ69/70 B.1.1.7. FDA– მ უკვე გამოაქვეყნა გაფრთხილებები პოტენციური სამიზნე წარუმატებლობის შესახებ შემდეგ ტესტებში: TaqPath COVID-19 Combo Kit by Thermo Fisher Scientific, Accula SARS-CoV-2 ტესტი Mesa Biotech– ის მიერ და Linea COVID-19 Assay ნაკრები Accula– ს მიერ.

ტესტების მრავალფეროვნებისა და სიგანის გამო, სადიაგნოსტიკო ტესტების უმეტესობა კვლავაც საიმედოდ შეიძლება გამოყენებულ იქნას სხვადასხვა შტამების დიაგნოსტირებისათვის. საჯაროდ ხელმისაწვდომი მონაცემების საფუძველზე და 246 მოლეკულური დიაგნოსტიკის თვალყურის დევნება, რომელსაც აქვს FDA გადაუდებელი გამოყენების ავტორიზაცია (EUA), დიაგნოსტიკური ტესტების უმრავლესობას (85.4%) აქვს სამიზნეები გარდა იმისა spike გენი, ამიტომ ისინი მაინც უნდა იყვნენ ეფექტური ამ ვარიანტებისთვის და არ გამოიღებენ "წარუმატებელ" ტესტს, თუ ინფექცია გამოწვეულია სპაიკის გენის მუტაციებით გამოწვეული ვარიანტით. ტესტების დარჩენილი 14,6% -დან, 7,3% -ს აქვს მრავალი სამიზნე SARS-CoV-2 გენომში, გარდა ამისა, spike გენის გარდა, როგორიცაა ORF1ab და N გენები, ასე რომ მათ უნდა გააგრძელონ ზუსტი შედეგების მოტანა. უფრო მეტიც, EUA– ს სწრაფი ანტიგენის ტესტების უმრავლესობა (90.1%) ავლენს ნუკლეოკაფსიდურ ცილას და არა ცილოვან ცილებს, ამიტომ ისინი არ უნდა იქონიონ გავლენა. უნდა აღინიშნოს, რომ ტესტების 5.7% -ს არ აქვს მკაფიოდ განსაზღვრული გენომური სამიზნე, მაგრამ შესაძლოა ის შეინახოს როგორც საკუთრების ინფორმაცია. 4 ტესტიდან, რომელიც მიზნად ისახავს S გენს, ჯერჯერობით უცნობია, დაადგენს თუ არა ეს ტესტები ინდივიდის ინფიცირებულს პრაიმერის თანმიმდევრობით, უნდა შევადაროთ მწარმოებლის ვარიანტულ თანმიმდევრობას ანალიტიკური მგრძნობელობის შესამოწმებლად.   წინსვლა, ის სასიცოცხლოდ მნიშვნელოვანი იქნება FDA– ს შეტყობინებების მონიტორინგი EUA– ს სადიაგნოსტიკო ტესტების ეფექტურობასთან დაკავშირებით და ტესტების წარუმატებლობის შემდგომი დაკვირვება პოტენციური ვარიანტების ზემოქმედების შესასწავლად. COVID-19 ტესტირების ცენტრების ორგანიზატორები უნდა იყვნენ ინფორმირებული ნებისმიერი პოტენციური ცვლილების შესახებ ეფექტურობის შესამოწმებლად, რაც შეიძლება გავლენა იქონიოს მათ ოპერაციებზე ან შესყიდვის ხელშეკრულებებზე.

The current diversity of molecular diagnostics targets bodes well for the ability to identify SARS-CoV-2 infections of future variants, but also underscores the importance of widespread, regular sequencing of clinical samples. CDC is increasing surveillance of SARS-CoV-2 samples to understand the spread of the current variants as well as future variants. Test target failure or negative results with clinical symptoms should be accompanied by sequencing to understand if failures are due to sequence divergence. Cataloguing the genomic targets of SARS-CoV-2 diagnostics will be important to understand testing limitations now, as well as in the future should new variants arise.  

After vaccination, will the accuracy of diagnostic and serology tests change?

Vaccination against SARS-CoV-2 will not result in a positive diagnostic test. The Moderna and Pfizer/BioNTech vaccines consist of non-replicating mRNA, so the maximum level of SARS-CoV-2 specific mRNA a vaccine recipient will have is the small amount present in the vaccine. In a SARS-CoV-2 infection, the virus replicates so that mRNA levels increase to much higher levels and persist for weeks. In addition, both EUA vaccines contain mRNA specific to the spike gene of the SARS-CoV-2 virus. The majority of diagnostics target multiple genes other than spike, if they target spike protein at all. Therefore, vaccination with an mRNA vaccine will not result in a positive diagnostic test.

People who have been vaccinated may be interested in getting a serology test, to see if the vaccine “worked,” but a vaccinated person is very likely to get a negative result from a serology test, even if the vaccine was successful and protective. Serology tests are typically used to determine whether a person has been exposed to SARS-CoV-2 in the past and developed antibodies against the virus. Different serology tests detect antibodies to different parts of the virus, but after vaccination with Pfizer and Moderna vaccines, the antibodies formed will only be to one part of the virus: the spike protein. Some serology tests do not detect antibodies specific to spike protein at all, while others are specific for antibodies that target regions within the spike protein (like the receptor binding domain, or RBD). For example, the Roche Elecsys Anti-SARS-CoV-2 S assay detects antibodies to spike RBD, while the the Platelia SARS-CoV-2 Total Ab assay from Bio-Rad detects antibodies to the nucleocapsid protein. Commercially available serology tests should not be used to seek a positive antibody result after vaccination given the differences in vaccine targets, and current EUAs do not authorize individual serology testing for measuring vaccine efficacy. Therefore, a negative serology test after vaccination does not necessarily mean the vaccine failed and reinforces that serology tests should not be used for this purpose. To understand if vaccination stimulated an antibody response, a test specifically designed for the antibodies of interest would need to be used.

While the diagnostic testing news is good for now-- infections by current SARS-CoV-2 variants are likely to be detected by  tests on the market-- it is important to increase surveillance and monitor the emergence of future variants, which may be more problematic. Thankfully, the Biden administration’s plan includes expansion of testing and increased genomic surveillance--two goals that can work hand in hand to monitor SARS-CoV-2 spread and inform public health interventions. It will be vital to implement surveillance and test performance monitoring quickly, so that emerging variants that may impact therapeutics and vaccines are detected and addressed in real time.

Rachel West, PhD, is a post-doctoral associate with the Center for Health Security and the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Molecular Microbiology and Immunology.

Gigi Kwik Gronvall, PhD is a senior scholar and associate professor with the Center for Health Security and the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Environmental Health and Engineering.

Amanda Kobokovich, MPH is a senior analyst and research associate with the  Center for Health Security and the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Environmental Health and Engineering.


The Science of SARS-CoV-2 Testing: What Tests Are Available and What This May Mean for You

COVID-19 testing equips individuals with the information they need to protect themselves and others, and arms public health professionals with data that can inform response efforts.

Recently, leadership across NIH articulated why widespread testing is necessary, important, and achievable. Equally important is understanding the different types of testing available. As a leader and pioneer in the development of clinical data standards, NLM supports the electronic exchange of clinical health information data, including those related to COVID-19 testing, for approved purposes and with appropriate privacy protections.

Three types of testing are available to identify COVID-19 (the disease caused by the SARS-CoV-2 virus).

1) Nucleic acid amplification tests (NAAT), also called molecular tests, detect the virus’s genetic material

2) Antigen tests detect parts of specific proteins produced by the virus and

3) Antibody tests detect COVID-19 antibodies in the blood (serum) that infected people develop to fight off the virus.

NAAT tests are dependent upon a method used to multiply the relatively few copies of viral nucleic acid that might be present in a specimen into a very large number of copies — making it much easier detect the virus. At present, most NAAT tests use an amplification method called polymerase chain reaction (PCR).

PCR uses small segments of DNA, called primers, to pick out the DNA that it needs to multiply. The PCR instruments process the sample in repeated cycles of heating and cooling. During each cycle, the number of copies of the targeted nucleic acid doubles. From a few original copies, it can generate up to a billion new copies to make the virus easier to ნახე in the final detection step.

The FDA recently authorized a different NAAT test method called loop-mediated isothermal amplification (LAMP). This test method warms the sample to a constant temperature and uses six different primers to drive the replication of different segments of the novel coronavirus’s genome. It does not require multiple cycles of heating and cooling. By many accounts, this method is faster and easier to use than real-time PCR. Other methods of COVID-19 detection are under development.

Different SARS-CoV-2 NAAT testing products target different parts of the virus, use different primers to start the PCR reaction, apply to different specimens, and differ in the ability to detect the virus.

The primary methods for collecting a sample are through nasal, throat, and saliva (spit). Nasopharyngeal (NP) samples are believed to be the most sensitive for detecting the virus, but pushing the swab through the nostril into the nasopharynx at the base of the skull can be uncomfortable. The collection of other samples from nasal swabs and saliva can be easier on the person being tested and are becoming increasingly accessible.

The spread of SARS-CoV-2 is particularly challenging to manage because people can be contagious and spread the infection to others, even before they begin to show symptoms. NAAT tests can sometimes detect the virus in early stages before symptoms appear, but not always, and do not necessarily turn positive immediately with the onset of symptoms.

One strategy with NAAT tests involves the use of pooled samples. Pooled sampling involves mixing several samples together in a batch, or pooled sample, then analyzing the pooled sample with a diagnostic test. If the test on the pooled specimen is negative, then all the individuals who contributed to the pool are considered negative for COVID-19. If the pooled sample is positive, the lab must run separate tests on each of the samples to determine who is positive and who is negative. When the prevalence of COVID-19 in a population is low (in the 1-2% range), the total number of tests needed is reduced, and an organization’s testing capacity increases.

Antigen tests for COVID-19 detect the presence of a protein that is part of the SARS-CoV-2 virus. Today, the NP and mid-nasal samples are the primary sampling methods used for antigen testing, but the development of antigen tests for saliva are underway.

Antigen tests are relatively inexpensive and provide results almost immediately. These tests perform best in the early days after an infection begins. While they are not as sensitive as NAAT tests, some have suggested that repeated testing with a fast, although less sensitive test, may do more to help end the epidemic more quickly than perfect tests done infrequently.

Antibody SARS-CoV-2 tests detect the antibodies, or the “virus fighting proteins”, that a person’s immune system produces to fight infection. Antibody testing is generally done on the serum component of a blood sample. Antibodies may appear just a week or so after symptoms of SARS-CoV-2 infection appear. Antibody tests are not used to diagnose an active COVID-19 infection however, they are useful for detecting whether someone has had a past infection.

Two different kinds of antibodies can be measured: IgM (immunoglobulin M) and IgG (immunoglobulin G). IgM antibodies appear early after infection (usually after the first week or so). Somewhat later, IgG antibodies, a more durable antibody, is produced. Today, there is no clear advantage of IGM or IgG antibody testing and not everyone will develop antibodies after a known COVID-19 infection. Importantly, scientists do not know how well or for how long antibody levels might protect someone against a future infection.

All three types of tests can be evaluated locally with a point-of-care (POC) machine or sent to laboratory for processing (in-lab testing). POC tests are carried out in close proximity to a patient and typically take 5-15 minutes, but only one or a handful of samples can be processed at a time. Not all POC machines have the capability to communicate electronically to public health and other reporting systems. In-lab testing machines can process hundreds of samples at time and, with the right safeguards, can deliver results electronically to patients, providers and public health reporting systems. However, in-lab testing has built-in delays due to its batch testing nature and the time it can take to deliver samples to laboratories.

There are many opportunities for innovation in testing methods to improve upon the efficiency, specificity, and scalability of currently available tests. Having a good set of well performing tests for SARS-CoV-2 is very important, but we also need to be able to deliver the results of such tests accurately and quickly (electronically) to the responsible care providers and to public health authorities.

To facilitate electronic delivery of such content, NLM has long supported the development of formal health care terminologies including LOINC (Logical Observation Identifiers Names and Codes), RxNorm, along with SNOMED CT, and more recently, communication structures such as HL7 FHIR (R) . These capabilities are especially important during this time of COVID-19. In the last six months, the FDA has authorized more than 80 SARS-CoV-2 test products for emergency use, the CDC has defined a COVID-19 Case Report Form, and the Centers for Medicare & Medicaid Services has specified content that should accompany every SARS-CoV-2 test. NLM-supported LOINC codes have been defined for all of this content, as well as SNOMED CT codes for coded test values. The FDA, CDC, and industry have produced a compendium of the all SARS-CoV-2 tests and their standard codes. The use of standardized test codes for test results is essential to smooth delivery of test results into electronic health records and for the aggregation of test results for research and public health purposes.

Testing for COVID-19 is important, safe, and easy. Getting tested early and often and following best practices, such as wearing a mask, washing hands often, and limiting social contact will help get us back to normal.

Did you learn something new about testing methods? How else can NLM help support testing activities?

კლem McDonald, MD, is the Chief Health Data Standards Officer at NLM. In this role, he coordinates standards efforts across NLM and NIH, including the FHIR interoperability standard and vocabularies specific to clinical care (LOINC, SNOMED CT, and RxNorm). Dr. McDonald developed one of the nation’s first electronic medical record systems and the first community-wide clinical data repository, the Indiana Network for Patient Care. Dr. McDonald previously served 12 years as Director of the Lister Hill National Center for Biomedical Communications and as scientific director of its intramural research program.


Monitoring of emergent strains

The mutations that accumulate in the SARS-CoV-2 genome can alter the viral phenotype and confer a selective advantage that gives rise to new strains. Genomic epidemiology showed that one strain, distinguished by a non-synonymous D614G mutation in the spike protein, first emerged in Europe before expanding to become the predominant strain worldwide 79 owing to a selective fitness advantage conferred by the mutation that increased viral transmissibility 80 .

The integration of genome sequencing within population-scale testing can enable monitoring of the viral strains circulating within a population. Numerous countries have mandated that a proportion of positive samples is subjected to whole-genome sequencing, thereby providing ongoing surveillance of emerging and circulating variants. This sequencing information can identify emergent SARS-CoV-2 variants with differing transmission or pathogenicity, with resistance to antiviral treatment or that are at risk of vaccine escape 81 . In late December 2020, a new SARS-CoV-2 strain known as B.1.1.7 rapidly increased in prevalence throughout the UK, apparently outcompeting existing variants and prompting the rapid imposition of restrictions on travel to other countries 82 . Additional variants that might increase transmissibility and pathogenicity or reduce the efficacy of vaccines have similarly arisen in South Africa (B.1.351) 83 and Brazil (P.1) 84 . As the effect of these variants on the viral phenotype has become apparent, authorities have recognized that global testing will be increasingly needed to monitor the emergence and circulation of new variant SARS-CoV-2 strains.

Variant diversification identified by genomic surveillance is also important to assess the influence of new mutations on the ongoing performance of molecular diagnostic tests 85,86 . The emergent B.1.1.7 strain harbours a large number of mutations that might prevent the binding of some primers to the spike gene and thereby reduce the sensitivity of RT–qPCR tests 87 (Box 1). In response, numerous variant-specific primers have been developed, illustrating that strain diversification will require ongoing updates and validation of testing reagents.


TESTING COSTS AND PRIORITIZATION

A new law mandates that Medicare, Medicaid, other government health care and insurance plans, and most private plans cover COVID-19 testing in the United States without copays or deductibles. On 5 March 2020, the Centers for Medicare and Medicaid Services (CMS) announced new Healthcare Common Procedure Coding System (HCPCS) codes for health care providers and laboratories to test patients for SARS-CoV-2. Starting in April, laboratories performing the test could bill Medicare and other health insurers for services, using a newly created HCPCS code (U0001). This code applies to all tests that were developed by the CDC. Laboratories performing non-CDC laboratory tests for SARS-CoV-2 can bill for them using a different HCPCS code (U0002). Current test prices are $35.91 for U0001 and $51.31 for U0002. The overall costs should take into context how a diagnostic test is used in practice. For example, if a test is restricted to very sick patients, the cost is small compared to the overall medical care. Conversely, if a test is used for broad screening, the cost per positive result could be high depending on prevalence.

There are different indications for diagnostic testing for individuals with a proven or suspected case of COVID-19. Given the limited testing capacity in the United States, priority lists have been established. Priority 1 includes hospitalized patients and symptomatic health care workers. Priority 2 includes symptomatic patients in health care facilities, >65-year-old patients with underlying conditions, and first responders. Priority 3 includes symptomatic patients, including critical infrastructure workers. Individuals without symptoms are currently not prioritized for any testing (28). Specific use cases for different tests have also been laid out (29), but they are likely to change as more testing capabilities become available and societal needs change, such as identification of infectious individuals versus seropositive individuals returning to work.

When carried out broadly and repeatedly, NAT results have consequences for individuals, communities, and the entire population. These tests not only permit the identification, isolation, and treatment of infected individuals but also diagnose presymptomatic and asymptomatic carriers and thus more accurately define the infection rates across populations. Serological testing should be used in parallel with NATs to determine which individuals have acquired immunity and how long it lasts. Serosurveys may also help efforts to develop vaccines. By extension, serological testing that is performed frequently and on a wide scale should help determine what fraction of the population may be immune to COVID-19 and which individuals may rejoin the workforce. The lack of longitudinal testing is problematic because it inhibits our ability to understand the evolution of the disease.

Containing COVID-19 will likely require combinations and concomitant use of the different types of diagnostic tests discussed above. Excitingly, more sensitive and specific kits have become available from major vendors. To be successful, these assays will need to be deployed in such a way that broad and repeated testing becomes routine. Last, there is a need to develop test kits that simplify lengthy purification steps and yield results in much shorter time frames than is currently available. A variety of new approaches are currently being tested experimentally to achieve such results.